Dla wiernych Łazisk Górnych początek II wojny był szczególnie okrutny. Dnia 3 września 1939 roku pod ostrzałem niemieckiej artylerii spłonął kościół parafialny oraz salka parafialna i zabudowania gospodarcze. Od pożaru zniszczeniu uległ także klasztor Sióstr Służebnic NMP przy ulicy Cieszyńskiej. Ołtarze, ambona, balaski, konfesjonały, ławy kościelne, chór z organami, chorągwie, witraże, stacje Drogi Krzyżowej i to wszystko, co parafianie w ciągu lat wyposażyli kościół spłonęło w pożarze. Na zniszczone wnętrze Domu Bożego spadło sklepienie z dachem i ubelkowanie wieży. Sterczały jedynie mury i wypalona wieża kościelna. Podłogę pokrywała dwu metrowa warstwa rumowiska. W prezbiterium pozostała tylko dolna część ołtarza z tabernakulum. Ocalała jedynie mała kaplica przy lewym, tylnym wejściu z ołtarzem św. Antoniego. W kaplicy zachował się jeden z witraży wykonanych w 1936 roku, przedstawiąjący św. Antoniego oraz jeden mały witraż gomółkowy nad głównym wejściem do kościoła ukazujący Bożą Opatrzność. W dość dobrym stanie pozostała zakrystia z inwentarzem.
Parafian spotkał kolejny cios, gdyż w pierwszych dniach II wojny światowej zmuszony został do opuszczenia parafii proboszcz ks. Jan Tomala. Pod zarzutem udzielenia pomocy powstańcom atakującym wkraczające wojska niemieckie został dwukrotnie zatrzymany przez gestapo. Po zwolnieniu 22 listopada 1939 roku już nie wrócił do Łazisk, ale został skierowany przez ks. biskupa Adamskiego do Biertułtów.
Siódmego września z polecenia katowickiego biskupa opuszczoną parafię Łaziska objął ks. Gerard Bańka. Wraz z przybyciem księdza parafianie zabrali się do prac porządkowych w wypalonej świątyni. Usunięto gruz z nawy głównej. Przeniesiono ołtarz św. Antoniego do prezbiterium, aby można było sprawować Liturgię niedzielną. W ciągu tygodnia ksiądz odprawiał Msze św. na probostwie. Na probostwie zamieszkały cztery siostry Służebniczki, które utraciły swój dach nad głową. Na zebraniu zarządu kościelnego, w dniu 17 września 1939 roku omówiono sprawę odbudowy kościoła parafialnego. Z pomocą pośpieszyła Kuria Biskupia, która przeznaczyła 30.000Mk na odbudowę.
Kosztorys został obliczony na kwotę 62.775Mk. Za zgodą komendanta miejscowego rozebrano dwa duże, drewniane baraki, aby zdobyć materiał budowlany. Odbudowę kościoła zlecono architektowi Feliksowi Jesionkowi ze Świętochłowic. Prace budowlane i ciesielskie z pomocą bardzo zaangażowanych parafian szybko realizowano, tak, że w listopadzie kościół był zabezpieczony dachem i ornamentacyjnymi witrażami.
Pod koniec 1939 roku powrócił z obozu w Norymberdze do parafii wikariusz ks. Teodor Rak. Do Bożego Narodzenia 1940 roku kościół był z grubsza odrestaurowany. Wnętrze zostało otynkowane. Kościół został wyposażony w ambonę, balaski. Z tyłu kościoła odbudowano chór, założono prowizoryczne ogrzewanie. Instalacje elektryczne wykonała firma G. Janda z Mikołowa. Do końca września 1941 roku podłogę kościoła obłożono flizami. W październiku 1941 roku ks. administrator zamówił w firmie Bott-cher-Klapper w Berlinie elektryczne urządzenie do napędu dzwonów. Jednak machina wojenna wyciągnęła ręce po dzwony przeznaczone na cele zbrojeniowe. Dnia 20 stycznia 1942 roku dokonano konfiskaty dzwonów. Dotyczyła trzech najcięższych o łącznej wadze 2.310kg. W połowie kwietnia 1942 roku zdjęto z wieży wszystkie cztery dzwony. W zamian za zabrane dzwony przekazano do kościoła w Łaziskach Górnych historyczny dzwon z parafii w Lędzinach. Dzwon ten liczył trzysta lat i ważył 180kg. Po zakończeniu wojny łaziszczanie musieli dzwon zwrócić do macierzystego kościoła.
Odbudowa kościoła posuwała się sprawnie. Wiosną 1942 roku parafia otrzymała dwa wagony dachówek z czerwonej gliny z Aschaffendorf w Turyngii. W tym samym roku mistrz stolarski Mendecki wykonał ławki i konfesjonały. W firmie Schaefer w Piekarach zakupiono rzeźbione stacje Drogi Krzyżowej. Do prezbiterium został zaprojektowany ołtarz z czarnego granitu: mensa na filarach. Nad ołtarzem miał górować trzymetrowy krzyż z korpusem z brązu. Tło miały stanowić trzy mozaikowe witraże umieszczone w absydzie kościoła. W środkowym znajdowało się zaciemnione słońce, a po bokach Matka Boża Bolesna i św. Jan Apostoł. Witraże wykonała firma Meyer z Monachium.
Wskutek działań wojennych w 1945 roku i zbliżającego się frontu wscho-dniego nie udało się zrealizować dla parafii tych zamówień.
Kupiec Drozd z ulicy Poprzecznej w Katowicach podarował dla parafii 20 flag hitlerowskich, o długości 8 metrów. Po wypruciu swastyki materiał posłużył na obrusy ołtarzowe i komeżki dla ministrantów. Parafianie nie tylko włączyli się ofiarnie w odbudowę zniszczonego kościoła, ale spieszyli z pomocą dotknietym przez wojnę. Za namową ks. Romana Kopyty gospodarz Muszer na Kopaninie ukrywał w swoim gospodarstwie poszukiwanego przez gestapo powstańca z Tarnowskich Gór. Właścicielka restauracji Małgorzata Mucha pozwoliła z magazynu NSV-Spinnstoffsammlung przeznaczonego dla żołnierzy frontowych zabrać odzież dla Polaków w Guberni. W czasie okupacji wykonywanie praktyk religijnych w kościołach było uzależnione od hitlerowskich władz, które odrębnymi zarządzeniami regulowały ich formy oraz terminy. Nie wolno było ogłaszać publicznie mszy św. za zmarłych w więzieniach i obozach koncentracyjnych, za dezerterów z wojska niemieckiego. Innym ograniczeniem były zakazy odprawiania w godzinach przedpołudniowych Mszy św.w zniesione święta. Za nieprzestrzeganie zakazów duszpaterzom i wiernym groziły represje. Mocnym uderzeniem wymierzonym przeciwko życiu religijnemu było rozwiązanie przez władze okupacyjne polskich organizacji religijnych oraz usunięcie religii ze szkół.
Rok 1945 był dla mieszkańcow Śląska rokiem nadziei na odzyskanie wolności. Przesuwająca się na zachód Armia Czerwona wraz z Wojskiem Polskim w miesiącu styczniu rozpoczęły akcję wyzwalania ziem śląskich spod okupacji hitlerowskiej. Społeczeństwo śląskie dzięki dyscyplinie i pracowitości ochroniło przemysł przed zamierzonym zniszczeniem przez cofające się oddziały i władze niemieckie.
W dniu 27 stycznia 1945 roku wojska radzieckie wkroczyły do Mikołowa, a w godzianach popołudniowych wyzwoliły Łaziska. Jednak dla parafian Łazisk Górnych dzień wyzwolenia przyniósł bolesny wstrząs. Około 15 godziny 27 stycznia 1945 roku nadjeżdżający pierwszy czołg radziecki jednym strzałem zwalił na ziemię górną cześć wieży kościelnej. Wojska radzieckie zniszczyły także bramę wjazdową na plac kościelny.
Nad Polską po sześciu latach wojny i obcej okupacji zawisły chmury nowej niewoli. Doświadczyli jej Łaziszczanie, którzy zimą 1945 roku zostali aresztowani i wywiezieni w głąb państwa radzieckiego, na Sybir.
Wyzwolenie spod okupacji hitlerowskiej przyjęto z entuzjazmem, a ludzie podejmujący się dzieła stworzenia nowego ładu społeczno-politycznego na Ślasku przez wiele miesięcy korzystali z ofiarności i zapału miejscowej ludności. Była ona gotowa do wielkich wyrzeczeń w imię budowy kraju wolnego i sprawiedliwego.
Opracowano na podstawie pracy W. Jendrysko pt."Dzieje parafii Matki Bożej Królowej Różańca Świętego w Łaziskach Górnych /1893-1993/".